“卓越学院”是我校在践行因材施教理念的基础上设立的，希望能在学生心中播种二附中“卓然独立，越而胜己”的理念，旨在培养学生刻苦专研、勇于创新的精神，并为社会培养更多杰出的建设者和接班人。
该课程依托二附中及我校的优质教育资源，为学生提供了一系列的拓展课程，如数学、英语、古诗文、物理等。作为华东师范大学“熊斌奥数教学实验基地”和“教学实习基地”，熊斌教授会定期来我校开展讲座并与学员进行互动；同时，作为华师大二附中“先修课程教学实验基地”“优质生源基地”，二附中奥赛辅导团的“金牌教练”也会来为卓越学院的学员们授课。
“卓越学院”的学员选拔要求是基础型课程完成较好，且具备一定专业素养的学生。“卓越学院”的学员并不是固定不变的，而是每学期面向全校学生，在自愿参加的前提下进行校内选拔，从而形成良性循环。
